《金陵十三钗》发生的背景是在1937年12月12日，地点是在南京，这一天守城的中国军队全线崩溃和撤退，第二天，也就是1937年的12月13日。 “我姨妈”书娟是寄学在金陵城中一座名叫威尔逊美国天主教堂里的一位学生，这时的美国处在中立国位置，所以美国的教堂自然成了避难所，12月12日这天清晨，神圣庄严的威尔逊教堂后院的墙头上冒出了几个打扮俗艳的女人，她们恳请英格曼神父收留，基于人道主义立场，神父通过艰难的决定，最终收留了她们。她们是来自秦淮河畔青楼堂子间的女人，也就是在清纯的书娟眼里的“特殊女人”，这群人中还有一位令“我姨妈”书娟切齿仇恨的后来成为“金陵十三钗”中主角的玉墨。但中立的美国威尔逊教堂终究不是避难的天堂，在毫无人性，不遵守任何规则的日军眼里，只要他们想要，就没有进不去的地方，威尔逊教堂终于在12月20日的晚上被日军侵入了。唱诗班女学生童稚圣洁的声音在南京城夜空中穿越回荡，它充满着诱惑，使日军邪恶淫荡的魔爪再一次伸进了教堂。12月24日下午，一名日军大佐率领着一群日军即使在英格曼神父强烈的抵制下，还是强行闯入了这块避难之所，他们以庆祝圣诞名义，要唱诗班女生到军营为他们献唱。这是一个陷阱，一个邪恶血腥的陷阱，在这无可退避的时刻，以玉墨为首的一群“特殊女人”挺身而出，她们一共十三位，这就是标题所说的“金陵十三钗”，借着夜幕掩护，每个人都以必死之心，身揣暗器，成功地替尚在稚龄中的女生，而跟随日军前去。