CITY·神户毁灭后三个月。


位于北美的CITY·马萨诸塞是处在成功量产出简易型《魔法士》的研究机关《Wizards·Brain·Factory》与军队的共同统治下的。《Factory》的《魔法士》迪在追击发动破坏行动的远距离攻击型魔法士《光使者》的途中，迷上了偶然相遇的谢菈。而在不知道谢菈的母亲玛丽亚就是自己追击的《光使者》的情况下……


同时在这个时候，曾经被称为最强的《黑衣骑士》黑泽祐一因为一封信件而造访了CITY·马萨诸塞。


在迈向灭亡的近未来舞台之上，描绘操纵物理法则的《魔法士》们战斗的人气系列第三弹！