因《MotherSystem》的暴走导致CITY·神户毁灭后七个月。便利屋的《魔法士》鍊和菲娅在调查瑞士一所古旧地下实验设施的时候遇到了一名少年。
少年的名字叫爱德。是《魔法士》创造者的其中一人，艾丽莎贝特·扎因生涯最后制作出来的最高杰作的《人形使》……。从CITY·伦敦逃走的爱德为了躲避追捕者而潜藏在设施中。接着在他们三人面前出现的追捕者是驾驶云上航行舰《HunterPigeon》的黑兹与芳美……
在迈向灭亡的近未来舞台之上，描绘操纵物理法则的《魔法士》们战斗的人气系列第三弹！