第一部：

二十世紀，十七歲少年王乘風從小被算命先生預言命格不凡，日後必成大器，但在成長過程中卻厄運連連。有一天王乘風因上課不專心，被罰至圖書館服務，卻被一股不明力量捲進名為「學院」的奇妙空間。在王乘風乍到學院時，這股力量窮追不捨，欲毀壞學院中的一切，幸虧學院主持人即時出現，平息這場異變。學院的空間無邊無際，主持人名叫王力，號鬼谷子，是學院的管理人及所有學生的導師。學生更是千奇百怪：有孔子、老子、莊子、列子等先秦諸子，還有身世不凡的助教－佛祖、摩西和朱允文。王力告訴王乘風，這裡的所有人都是這樣莫名其妙被拉進來的。學院是存在在宇宙中一個非常獨特的空間，除了王乘風到達的第一層，上面還有三十三層，下面則有十數層，各層間靠「建木」聯繫。在王力帶領下，王乘風見識到了學院的神奇之處，包括各個奇妙的「門」，可通往不同的虛擬空間。這學生平常多在第一層接受訓練，吸收各種知識。不久，王力對王乘風說出真相：原來王力是二十四世紀人，那時地球上已發展出高度文明，其中一種「潘朵拉核酸」為科技結晶，只要注射即可瞬間獲得大量知識。因其威力強大，政府怕有人心生覬覦，便假意沉水，實則將它藏起。王力為抗議政府壟斷知識，在盜取「潘朵拉核酸」的過程中不慎引發時空磁場放射素共振，導致自己連同許多追捕他的生化警察被捲入時空洪流，他就這麼來到學院中。就在這時，學院加入了新成員公孫龍，伴隨著一場驚天動地的異變－學院開始移動了。

第二部：

異變發生後，鬼谷子王力帶著一干學生到學院第二層探勘。在一扇名為「山海」的門後，隱藏著一個匪夷所思的神話空間－傳說中的天庭、神仙；夸父追日、女媧造人、后羿射日等神話在此栩栩如生的發生著。王力告訴王乘風，這些神話人物多是二十四世紀生化警察，那次衝擊將他們帶到這個由「南斗」創建的神話時空來，並在此產生型態上的變化。王力第二次帶領學生們進入山海門時，將仲尼（孔子）及王乘風推落神話時空，接受「考驗」。經過一番有驚無險的歷程，兩人平安回到學院，緊接而來的卻是一場前所未有的災難。

第三部：

公孫龍與莊周、仲尼等在王力不在時起了爭執，意外打開了叫做「幽冥」的門。門中迅速冒出大量黑霧，凡接觸到便化為虛無。鬼谷子王力奮力抵抗，並吩咐王乘風帶領學生逃進山海門。於是，學院中的學生就在山海的神話世界中流浪，見識了更多神話事件，像女媧補天、共工撞不周之山，也同時吸收更多知識。途中，黑霧再次侵襲，拆散眾人。鑄蘆與莫色斯因修習完畢被不明力量接引而去，王乘風與達多（佛祖）、莊周三人不覺來到了北方的幽冥空間。

眾人被黑霧追趕到「山海」這個房間，且仲尼和王力也跟大家走失了，所有其它的學員跟王乘風，只能照著王力的吩附一直往房間的深處走。這次這個房間並不是虛擬的空間，而是真實的世界，也就是所有的學員都是真實地處在山海經裡的世界，如果一不小心的話就會喪命，因此大家都小心奕奕地前進。

第四部：

王乘風與達多（佛祖）、莊周遇見幽冥之主后土，見識傳說中的死靈之國，增長不少對生死的參悟。原來后土為二十二世紀半人馬星人，也因王力所引發的時空異變而連同南斗、炎帝流落至神話時空。後來后土建立幽冥之國，蒐集靈魂研究，炎帝在南方建立天庭，但幕後似乎有冥冥的力量驅使他們建造這些事物。一番長談後，后土取出神器「雨師妾」送風為三人送行，並突破空間，在摩西出埃及時吹開紅海。莊周和達多在參破生死的奧秘後被接引，獨自回到學院的王乘風再度見到王力。其他學生中也有一些被接引而去。接著，學院中的學生陸續發生接引現象，最後一名學生公孫紫園消失後，曾經攻擊學院的光影再度出現。王力解釋道這些光影中出現的，是即將被接引來學院的學生，而王乘風也即將被接引。最後一刻，王力向王乘風說出他兩真正的關係－王乘風是王力的祖先後，王乘風被送回現代。