全经六千余文，概略十八分，由浅入深，逻辑紧密，以对答互通的形式，通达初、中、上逐级修行法门。
经文中第一分说毕《法元经》的来由。
经文中第二分至第四分说毕题引：由关于“执我存在”的“起始发问”，引出了“别相见地”的“根源误解”；从“别相见地”的“根源误解”，引出了“时空因果”的“著相见别”；由破除“见相差别”的“逻辑立论”，引出了“合和大同”的“一相见地”。
经文中第五分至第十分说毕初乘境界：由“合和大同”的“一相见地”，引出了“无相之地”的“法境开元”；从“无相之地”的“法境开元”，引出了“妄见幻化”的“无明世界”；从“妄见幻化”的“无明世界”，引出了“清净妄见”的“本我智慧”；从“清净妄见”的“本我智慧”，引出了“迷障本我”的“六识依别”；从“迷障本我”的“六识依别”，引出了“相识相应”的“心性见别”；从“相识相应”的“心性见别”，引出了“空我见真”的“法业究竟”。
经文中第十一至第十三说毕中乘境界：由“真性佛陀”的“参观法门”，引出了“莫贪于法”的“究竟修行”；从“莫贪于法”的“究竟修行”，引出了“见法著相”的“真如法门”；从“见法著相”的“真如法门”，引出了“法无所法”的“圆觉解脱”。
经文中第十四至第十七说毕大乘境界：由“有应为相”的“万物有执”，引出了“无因无果”的“定慧光寿”；从“无因无果”的“定慧光寿”，引出了“化灭光寿”的“究竟解脱”；从“化灭光寿”的“究竟解脱”，引出了“普渡众生”的“圆满法业”。
经文中第十八分说毕如来无上妙法。