大明洪武二十七年，时局已定，天下归属朱元璋。但此时江湖势力繁杂，不满朱姓王朝甚至觊觎皇帝宝座的门派大有人在，江湖纷争不断……

乐之扬，秦淮河畔一个卖艺老头捡来的孩子，普通却机灵市井，擅于吹笛，对音律天分极高。

因目睹一场偶然的杀戮，乐之扬被吴王张士诚的儿子张天意的夜雨神针所伤，并遭掳劫进入皇宫，又意外沦为公主的贴身（假）小太监……

一切皆因武林秘宝“灵道石鱼”所起，故事由此展开……

灵飞经同时为小说《灵飞经》中一本武林秘籍，全名《妙乐灵飞经》，由灵道人所著，藏于灵道石鱼中。石鱼内设机关，须由管状乐器按其上所刻龟兹古曲《伤心引》吹奏打开。灵飞经秉承“以乐入武”的思想，其中武学与乐理精密相连，要习武先得习乐。灵飞经分为《灵曲》、《灵舞》、《灵感》、《灵飞》四章，修炼层次分为人籁、地籁、天籁三层。

灵道人自乘黄观中与释印神一战后名扬天下，灵道石鱼由此为江湖中人觊觎，引发了百年血雨腥风，与“纯阳铁盒”一道被视为玄门至宝。灵道石鱼先后落入张士诚、赵世雄、张天意、乐之扬之手，其中所藏灵飞经最后为乐之扬所得。