《秦汉的方士与儒生》的主旨在于说明秦汉的方士与儒生在大一统的社会背景下，怎样运用阴阳五行的思想创立政治学说和政治制度，来为秦汉时期各个历史阶段的统治集团服务。“从第一章到第七章，说明在阴阳家和方士的气氛下成就的秦汉时代若干种制度；第八章到第十八章，说明博士和儒生怎样地由分而合，又怎样地接受了阴阳家和方士的套，成为汉代的经学，又怎地从他们的鼓吹里影响到两汉时代的若干种政治制度；从第十九章到第二十二章说明汉代的经学如何转入谶纬，谶纬又发生了怎样的作用。”这是作者在序言中的解说。