20世纪80～90年代间，我国日本史研究者编著了多种通史和专题史，极大地推动了我国的日本史教育和研究。然而，自90年代以后，新的日本史通史之类著作，却难有所见。为此，我们曾企望有机会参与新的通史著作的编著，对我国的日本史教育与研究尽自己的一份力量。可是由于各种条件和原因，这一企望一直未能如愿。
2000年以来，以日本“新历史教科书编纂会”为代表，一批右翼史学家掀起了一股宣扬皇国主义史观，否定侵略战争的暗潮。继“新历史教科编纂会”会长西尾幹二出版《国民的历史》之后，该会又相继编撰了中学用《新历史教科书》和《新公民教科书》等，战前法西斯军国主义时期盛行的日本神国论和日本民族优秀论等反动史观，重又沉潭泛起。这样的反历史、逆时代潮流的教科书，竟然得到了日本文部省的批准。
对此，日本人民愤怒了，亚洲人民愤怒了。在这种背景下，每一个有良知的史学工作者，都不会熟视无睹，我们也不能平静了。我们化了大约一个月的时间，对《国民的历史》、《新历史教科书》的反历史的观点进行了揭露和批判。就在揭露和批判的过程中，我所大部分教师和部分研究生萌生了编一本中国人的新日本历史教科书的设想，大家认为面对日本新教科书事件，我们有必要充分表达中国学者，特别是中国青年学者的历史观。这一设想很快得到了所领导的赞许和支持。为了推进此事，我们邀请王金林先生参与设计和策划。所内专门建立了编写领导小组，并确定了参加编写的人员名单。
2001年的5～6月间，参加编写人员就编写宗旨、体例等进行了多次讨论。大家一致认为编写中国人的新的日本历史教科书，必须以辩证唯物主义和历史唯物主义为指导，尊重历史，史论结合，揭示日本各历史阶段的发展轨迹。讨论中，大家还认识到，在编撰过程中，应改变以往忽视我国学界研究成果的倾向，在中国的日本学研究已有相当成果的今天，应重视中国学者的研究成果，其中包括本所的研究成果。
在统一认识的基础上，进行了分工，并各自拟出自己负责章节的提纲。全体成员对编写提纲进行了反复的修改。
2001年暑假开始，进入集中编撰阶段。至2002年初，各章初稿相继完成。之后，由王金林先生对初稿进行通读通审，提出问题与意见后，交于各章作者进行修改、增删。这样反复三次；修订稿完成后，王勇先生再次精审二次，对全书的一些敏感问题题出修改意见，对全书的固有名词进行核对、统一，并对文字进行润色，最终定稿。