經歷過北九州鯰音坑的離奇命案之後，被捲入其中、不得不扮演偵探解決事件的物理波矢多，這次將燈塔視為下一個為日本復興做出貢獻的職場。

燈塔與國家之間存在著緊密的連結。戰爭期間，它是重要的軍事設施與戰略據點、和平時代，它是支撐海運經濟的關鍵角色。處在不同的時空背景下，亦擁有截然不同的面貌。

因此波矢多選擇接受培訓，以優異的成績從橫濱燈塔官吏養成所畢業，成為隸屬於海上保安廳的航路標識職員，也就是世人泛稱的「燈塔守」。

某日，波矢多結束了在太呴埼燈塔的勤務，準備轉往位於東北地區的新職場——轟之埼燈塔赴任。

然而就在搭乘的漁船來到燈塔所在地的鄰近海域時，他卻突然對眼前的存在產生了抗拒感。