《少女爱上姐姐2人的艾露达》的舞台是前作的瑞穂毕业2年后的圣应女学院。前作贵子路线的后续小说作品《樱花的庭院之星》里的设定和人物都会登场，贯通了本系列三部作品。本作主角叫御门千早，因无法接受外交官父亲的举动，而对男性开始不信任，随着不信任症的严重化而拒绝上学。在母亲的强制要求下，他以“妃宫千早”的名义转校至母亲的母校“圣应女学院”，并在学院中和以前将他从搭讪男手中救下来的少女薫子再次相会，故事就此展开。